Theo Nghị định 38/2012 và Thông tư số 45/2014/TT-BNNPTNT quy định thẩm quyền Bộ Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn sẽ quản lý an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, thu gom, giết mổ, sơ chế, chế biến, bảo quản, ...
Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm do Bộ Nông Nghiệp quản lý phân cấp thẩm quyền cho các cơ quan trực thuộc Bộ Nông Nghiệp như sau: Chi cục Thú y, Chi cục Bảo vệ Thực vật, Chị cục QLCL và BVNL Thủy sản, Sở Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn…